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在Western Blot過程中，分子量Marker就像個(gè)螺絲釘一樣沒雖然是個(gè)小細(xì)節(jié)，然而就是這樣一個(gè)小細(xì)節(jié)對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果有著不可忽視的作用。這個(gè) Western Blot參照家族的一員的作用主要是用來指示蛋白條帶所對(duì)應(yīng)的分子量大小，只有標(biāo)準(zhǔn)量無誤了，實(shí)驗(yàn)結(jié)果才有說服力，除此之外，蛋白標(biāo)準(zhǔn)還有表示轉(zhuǎn)移成功或者蛋白在凝膠上的電泳程度等等的作用，所以選擇正確的蛋白Marker也是western blot實(shí)驗(yàn)成功的必要條件之一。
總體來說，蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)可以分成未染蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)、預(yù)染蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)二個(gè)級(jí)別。以下是關(guān)于蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)的小敘：
一. 未染色（pre mixed）蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)
未染色的蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)是zui簡(jiǎn)單，也是zui準(zhǔn)確的一種。由于沒有附帶染料分子或者是標(biāo)記分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，是判斷蛋白大小必須的?，F(xiàn)在的Marker多數(shù)都選用預(yù)混和的Marker，方便不同大小的蛋白比較。預(yù)混的Marker通常有幾條帶加倍濃度作為指示，因?yàn)榛旌系臈l帶越多，越不好記，誰知道哪條是那條！數(shù)到眼都花了。所以當(dāng)看到特別濃的那幾條標(biāo)志帶就記得是哪里了。不過要記得，小帶通常都不那么容易看清楚的。在選擇上來說，當(dāng)然是選擇其中至少有一條條帶和自己的目的蛋白大小相近的，越近越好。如果你的蛋白不幸在兩條跨度較大Marker條帶之間，選別的Marker吧。預(yù)混的Marker使用上不如預(yù)染Marker（pre-stained）好用，因?yàn)殡娪具^程中*看不到，要和目標(biāo)蛋白一起等到zui后染色才“開蠱”，無法對(duì)實(shí)驗(yàn)起預(yù)示參照作用。*屬于“后知后覺”型的，當(dāng)然還是比“不知不覺”不做對(duì)照的要好。
① 寬分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)
如果從實(shí)驗(yàn)室總體考慮的，就選范圍盡量寬，條帶分布比較均勻的，這樣你的蛋白無論在哪個(gè)區(qū)間都容易判斷，避免正好落在一段空白區(qū)的危險(xiǎn)。不過條帶越多，每次上樣量也就越費(fèi)。拿到Marker后，如果買的是大包裝，就應(yīng)該考慮分裝。多次反復(fù)凍融對(duì)于蛋白的危險(xiǎn)，不用多說吧。另外要記得，寬譜的Marker不一定每條都能看到的，特別是Mini Cell。如果側(cè)重大蛋白，那小的可能就已經(jīng)跑掉了，不是質(zhì)量不好哦。
② 高分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)
通常在檢測(cè)大分子量蛋白經(jīng)常使用到高分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)，
③ 低分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)
在一般的蛋白電泳當(dāng)中，更常用的是低蛋白標(biāo)準(zhǔn)分子量，除了有指示蛋白大小的作用以外，有時(shí)還可以用作粗略的定量。實(shí)驗(yàn)室用在一般蛋白電泳的低分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)中。
在低分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)這里還包括可特別小的蛋白標(biāo)準(zhǔn)，比如30kD以下蛋白或者多肽的分離辨別。其中GE的從2kD到16kD之間有6條帶的蛋白標(biāo)準(zhǔn)挺不錯(cuò)，另外提醒一句，特別小的蛋白Marker條帶如果要顯色好，上樣一定要上足夠的量哦。
二.預(yù)染蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)
預(yù)染蛋白分子量是一些純化好的蛋白混合物，通過與染料共價(jià)耦聯(lián)，在電泳過程中或者轉(zhuǎn)膜時(shí)可以直接觀察到。預(yù)染蛋白分子量的出現(xiàn)方便了我們的實(shí)驗(yàn)，這種蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)可以幫助我們?cè)陔娪緯r(shí)、電泳后，以及轉(zhuǎn)膜后監(jiān)測(cè)電泳情況和估計(jì)遷移率——比如，已知垂直電泳*分辨區(qū)域大約在膠的2/3處，如果使用預(yù)染Marker就可以預(yù)測(cè)目標(biāo)蛋白進(jìn)入*分辨區(qū)時(shí)停止電泳以得到*分辨效果；如果觀察到Marker電泳異常也可以及時(shí)終止電泳；另外在Western Blot轉(zhuǎn)膜以后可以直接觀察蛋白轉(zhuǎn)膜是否*，還可以在膜上標(biāo)記蛋白分子量，所以吸引了許多實(shí)驗(yàn)室人員購(gòu)買預(yù)染蛋白標(biāo)準(zhǔn)。值得注意的是預(yù)染蛋白Marker與染料共價(jià)耦聯(lián)，所以在不同的緩沖條件下電泳時(shí)遷移特性可能會(huì)發(fā)生某些變化，可能導(dǎo)致一些偏差，所以不太適合定位蛋白——不過多數(shù)情況下Marker的條帶未必能和我們的目標(biāo)蛋白*一樣，我們得到的也不過是一種相對(duì)Marker指示的參考大小，zui后都需要Western來定性，所以如果不是要區(qū)分大小相近的條帶，預(yù)染Marker還是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白標(biāo)準(zhǔn)一起使用。
預(yù)染蛋白標(biāo)準(zhǔn)可以分為兩種：?jiǎn)紊A(yù)染和多色預(yù)染，其實(shí)區(qū)別就在于幫助在實(shí)驗(yàn)過程中辨認(rèn)某個(gè)條帶的大小——Marker條帶越多參考價(jià)值越大，可就越難辨認(rèn)區(qū)分，如果用不同的顏色來區(qū)別就比較好辨認(rèn)啦。如果沉悶的電泳實(shí)驗(yàn)中跑出五顏六色的彩虹Marker，此時(shí)心情想必會(huì)愉快一些！單色的Marker通常是利用其中某些條帶加倍濃度來提示其大小的。還有一點(diǎn)特別要注意，由于轉(zhuǎn)膜是一個(gè)將膠里的Marker濃縮在潔白的膜上，所以需要的上樣量相對(duì)少一些，如果想要在電泳過程中看到美麗的“彩虹”，或者單色的Marker往往需要比說明書里多加一些Marker的。